يختص القسم بتدريس كيمياء المركبات العضوية بأنواعها المختلفة وكذلك دراسة التعرف على تركيبها بإستخدام وسائل التحليل الطيفى، بالإضافة إلى تدريس مقرر فى الكيمياء الفراغية الذي يهتم بدراسة التركيب الفراغى للمركبات العضوية والعلاقة بين الوضع الفراغى والتأثير البيولوجى للمركبات العضوية المستخدمة فى مجال الصيدلة.

يهدف القسم الي إعداد الطلاب إعداداً أكاديمياً يمكنهم من اكتشاف أدوية جديدة لعلاج الأمراض المختلفة حيث تلعب الكيمياء العضوية الصيدلية دوراً رائداً فى هذا المجال سواءً من خلال التشييد الكامل للمركبات الدوائية أو إدخال تعديلات معينة فى المركبات الطبيعية بهدف تحسين خصائصها العلاجية وفى نفس الوقت ضمان إنتاجها بوفرة على أسس أقتصادية.